Bệnh tật

Vi sinh vật là tác nhân (mầm bệnh) gây nhiều bệnh truyền nhiễm ở người và gia súc. Vi khuẩn gây bệnh là tác nhân gây các bệnh như dịch hạch, lao và bệnh than. Động vật nguyên sinh gây nên các bệnh gồm sốt rét, truypanosoma, lỵ và toxoplasmosis. Nấm vi sinh gây nên các bệnh như nấm da, nấm candida và histoplasmosis. Virus mầm bệnh gây ra các bệnh như cúm, sốt vàng và AIDS.[52][53]

Con người thực hiện vệ sinh nhằm ngăn ngừa nhiễm trùng hoặc làm sạch thực phẩm bằng cách loại bỏ vi sinh vật gây nhiễm độc, đặc biệt là vi khuẩn khỏi môi trường xung quanh.[54]

Trong nông nghiệp và làm vườn

Vi sinh vật (gồm vi khuẩn,[55][56] nấm và virus) có vai trò quan trọng, bởi chúng là mầm mống gây bệnh ở cây trồng. Nấm gây những bệnh nghiêm trọng ở cây trồng như bệnh gỉ sắt ở lá ngô, gỉ sắt ở thân lúa mì và bệnh phấn trắng. Vi khuẩn gây nên các bệnh ở thực vật gồm đốm lá và khối u ở ngọn cây. Virus gây các bệnh ở thực vật như bệnh khảm lá.[57][58] Oomycete Phytophthora infestans làm mốc khoai tây, góp phần gây nên Nạn đói lớn ở thập niên 1840.[59]

Virus phá hoa tulip có một vai trò nhất định trong hội chứng hoa tulip ở Kỷ nguyên vàng của Hà Lan. Cụ thể, cây hoa tulip nổi tiếng Semper Augustus có hình dáng nổi bật do nhiễm bệnh (gây ra bởi một loại virus bệnh khảm),[60] trở thành búp hoa tulip nổi tiếng nhất lịch sử.[61]